Japán összesen 47 prefektúrából (megyéből, „ken”-ből) áll, amelyek 4 nagy szigeten és számos kisebben oszlanak meg. A négy nagy sziget (angolos helyesírással): Hokkaido, Honshu, Shikoku és Kyushu, ezek közül a legészakibb Hokkaido önmagában egy prefektúra, míg Honshu, a legnagyobb és a legsűrűbben lakott japán sziget 34 prefektúrát foglal magába. A legdélebbi Kyushu szigetre 7 prefektúra jut, amelyben benne van a Kyushu-tól délre-délnyugatra fekvő szigetek egy része is. A 47. prefektúra Okinawa, amely a délnyugati szigetek nagyobbik részét (Okinawa központtal) fedi le.
A négy fő szigettől délre-délnyugatra eső japán szigeteket összefoglaló néven japánul Nansei-shoto-nak (Délnyugati-szigeteknek) nevezik. Ez lényegében megfelel a Riukiu-szigetvilágnak (Ryukyu Archipelago), de beletartoznak a vitatott politikai helyzetű (Kína és Tajvan is magáénak tulajdonítja) Senkaku-szigetcsoport lakatlan sziklái, valamint a délkeletre fekvő Daito-szigetek is. A szintén Japán részét képező Ogasawara- (Bonin-) szigetek Japán legkeletebbre eső, csendes-óceáni (lakott) szigetei, de gyakran ezeket is beleértik a Nansei-shoto-ba.
A Nansei-shoto (nagyrészt politikai jellegű, a Japán fő területétől – „mainland Japan”-tól – való elkülönülést hangsúlyozó) megnevezés mellett szerencsésebb (és a szigetlakók is jobban szeretik) a történelmi hátteret is magában hordozó Riukiu-szigetvilág (Ryukyu Archipelago) földrajzi megjelölést. Ennek tudományos jelentősége is van: a Japán és Tajvan között negyedkörívben húzódó, a kontinentális padka szélén, a Csendes-óceán szegélyén elhelyezkedő szigetek élőlényföldrajzi tekintetben összefüggő, jól meghatározható vonalat képeznek, amelyek az elmúlt évmilliók–évezredek során kisebb-nagyobb mértékben szárazföldi hidak révén néha összeköttetésben is álltak, s ezek a rajtuk megtalálható növény- és állatvilág egymással rokon, de mégis speciálisan elkülönülő fejlődését tették lehetővé.
A felosztás értelmében a Riukiu-szigetvilág (Ryukyu Archipelago) fő vonalát a Riukiu-szigetlánc (Ryukyu Chain) képezi, amelyhez keleten a Daito-szigetek, nyugaton pedig, kissé északabbra a Senkaku-szigetek csatlakoznak. A Riukiu-szigetláncot a térképen nézve az embernek valóban az az érzése támad, hogy a tengerből kiemelkedő apró gyöngysorfüzért látunk. Különösen igaz ez, ha a térképeken a szokásos módon a kék szín különféle erősségével jelölt tengermélységet is figyelembe vesszük: feltűnő, hogy például a Miyako-szigetektől északkeletre a tenger „kifehéredik”, azaz nagyon sekély; itt akár szigetek is lehetnének, ha a vízszint egy kicsit alacsonyabb lenne. Ezt az ezeken a „zátonyokon” talált tengeralatti fosszíliák is bizonyítják: körülbelül 15 ezer évvel ezelőtt a tenger szintje 150 méterrel mélyebben volt, és ez bizonyos mai, víz alatti foltokon szárazföldi élővilágot tett lehetővé.
A Riukiu-szigetláncot három részre, Északi-, Középső- és Déli-szigetcsoportra osztják. Közöttük két, megint csak élőlényföldrajzi szempontból nagyon fontos határvonal húzódik: a Tokara- és a Kerama-árkok. Ezek a mély tengerrészek a legutóbbi (15 ezer évvel ezelőtti) alacsony vízszint idején sem kerültek szárazra, így jelentős akadályt képeztek a szigetek élővilágának vándorlásához, keveredéséhez. A három, észak-déli irányú csoport hat, egymással szorosabban összefüggő szigethalmazból épül fel: az Osumi-, a Tokara-, az Amami-, az Okinawa-, a Miyako- és a Yaeyama-szigetekből. Ezek közül egyedül a Tokara-szigetek az, amely kis „komplikációt” okoz, mert bár 6 nagyobb szigetét és a számos kisebbet együtt szokták Tokara-szigetekként emlegetni, valójában a Tokara-árok két csoportra, az Északi- és a Déli-Tokara-szigetcsoportra osztja őket. További, már valóban politikai jellegű eltérést okoz, hogy az Északi- és a Középső-Riukiu-szigetek (az Okinawa csoport kivételével) a Kyushu sziget déli részén, Kagoshima városban székelő Kagoshima Prefektúrához tartoznak, míg a Déli-Riukiu-szigetek plusz a teljes Okinawa-csoport Okinawa Prefektúra alá esnek, természetesen Okinawa (Naha City) székhellyel. Északon a Tokara- és Amami-szigeteket együttesen Satsunan-szigeteknek is szokták nevezni, míg délen a Miyako- és Yaeyama-szigetek együtt a Sakishima-szigeteket alkotják; bár ez utóbbihoz néha a tőlük északnyugatra fekvő Senkaku-szigeteket is hozzá szokták venni.
A Riukiu-szigetláncon kívül eső, de szintén Okinawa prefektúrához tartozó keleti, óceáni szigetek a Daito-szigetek. A Kína felé eső Senkaku-szigetek, bár a történelemben mindig is Japán részét képezték, jelenleg vitatott politikai helyzetet foglalnak el; stratégiai fontosságú földrajzi elhelyezkedésük miatt Kína és Tajvan egyaránt magáénak követeli őket.
Végezetül a még keletebbre fekvő Ogasawara-szigetek (volt Bonin-szigetek) Tokiótól pontosan délre helyezkednek el az óceánban, és Okinawával nincsenek is semmilyen összeköttetésben (légiben sem). Az Ogasawara-szigetek Tokió egyik alprefektúráját képezik.
