Sokszor volt már itt szó arról, hogy az okinawaiak nem igazi japánok, és hogy az okinawai ember, kultúra, hozzáállás mennyi mindenben különbözik az északi, főszigeti japánokétól.

Anélkül hogy túlzottan mély részleteibe merülnék a japán őstörténetnek, érdemes ezzel kapcsolatban néhány adatot megemlíteni.

A Jomon-kor (magyarul "dzsomón"-nak kell ejteni) a legutóbbi jégkorszak végétől nagyjából az időszámításunk kezdetéig terjedő, őskőkori (paleolit) időszak emberi kultúráját jelöli. A jégkorszak (az utolsó glaciális időszak) vége felé a japán szigetek, sőt Tajvan és a Riukiu-szigetvilág nagy része is összeköttetésben állt az ázsiai kontinenssel, azaz a mai Kínával és Koreával. Ez körülbeül 20 ezer évvel ezelőtt volt, amikor a szárazföldi hidakat az tette lehetővé, hogy a tengervíz nagy része fagyott állapotban volt északon, tehát jóval (mintegy 100 méterrel) alacsonyabb volt a Kelet-kínai és a Japán-tenger szintje. Amikor a jégkorszak véget ért és megindult a felmelegedés, az elolvadt jégtakaró jelentősen megemelte a tengerek szintjét - ezt a jelenséget jósolják most is a globális felmelegedés következményeként. A kiszélesedő tengerek tehát szétválasztották az addig összefüggő földdarabokat, Japán és a többi szigetek "elszigetelődtek" egymástól. Eddigre azonban már a szigetek túlnyomó része "lakott" volt (még ha nem is a mai értelemben), a legelső népességek bevándorlása már 32-20 ezer évvel ezelőtt megtörtént. Ezek az ősi, halászó-vadászó-gyűjtögető életmódot élő, de már kőeszközök és agyagedények kultúrájával is rendelkező emberek voltak a "dzsomónok", akiktől a ma már csak Japán északi szigetén, a Hokkaidón élő ainu (kicsit az eszkimókra hasonlító) őslakosokat származtatják.

A jomon emberek valószínűleg két irányból, egyrészt dél felől, Tajvanon és a déli Riukiu-szigeteken át, másrészt északról, a Szakhalin-félszigeten és a Kuril-szigeteken át érkeztek a mai japán szigetekre. Okinawa 1967-ben került a kutatások középpontjába, amikor a sziget déli részén, egy jégkorszak végi, természetes mészkőhasadékban emberi csontmarad-ványokra bukkantak. Összesen négy (egy férfi és három nő) meghatározható csontjaira (koponyákra és végtagokra) találtak, amelyek tehát a mintegy 16-12 ezer évvel ezelőtt élt kőkorszaki élet tanúi, és a "Minatogawa-i ember" néven híresültek el.

A tipikus okinawai embereket ma is meg lehet különböztetni az északi japánoktól. Más a testfelépítésük, arcberendezésük, robusztusabbak, zömökebbek, arccsontjaik szélesebbek, homlokuk alacsonyabb, szemük kerekebb, szájuk vastagabb, bőrszínük sötétebb. A legfeltűnőbb különbség mégis a szőrzet, az okinawaiak szakálla, bajsza erősebb, gyorsabban nő, hajuk dúsabb, s karjuk, lábuk is jobban szőrözött. Az alábbi képen baloldalt egy okinawai (jomon), jobboldalt egy észak-japán (yayoi) férfi feje látható.

A második betelepedési hullám a japán szigetekre már időszámításunk kezdete körüli időszakra, a vaskorra tehető (kb. 300 évvel Kirsztus előtt és után). Ezek az emberek már nem gyűjtögető, hanem rizstermesztő életet éltek, s főként Kínából, Koreából érkeztek. Kyushu déli részénél délebbre nem jutottak, viszont a nagy szigeteket, Honshut, Shikokut ők lakták be. Nevüket, a "yayoi" (ejtsd: jajoi) elnevezést egy Tokió melletti helyről kapták, ahol a régészek az első leleteiket megtalálták. A yayoi agyagedényeket már forgó korongon készítették, szemben a jomon vázákkal, amelyeket kézben formáztak. Az edények mellett már fegyverek, tükrök és harangok is készültek bronzból és más fémekből.

A fő különbség a jomon és yayoi kultúrák között mégis az, hogy a yayoik már falvakba szerveződve éltek, rizsföldeken dolgoztak, épületeiket kőből és fából építették, a terményt külön tárolták, stb. Ebből az életmódból alakult ki a fejlett, mezőgazdaság központú japán társadalom.